| 種 名 | 科 名 | 指定年月日 | 対 象 地 域 |
| ヒメチャマダラセセリ | セセリチョウ科 | 1975/2/13 | 北海道日高山系アポイ岳周辺 |
| ウスバキチョウ | シロチョウ科 | 1965/5/12 | 北海道大雪山系など |
| ミカドアゲハ | アゲハチョウ科 | 1943/8/24 | 高知市天神町、筆山町、塩屋崎町 |
| オガサワラシジミ | シジミチョウ科 | 1969/4/12 | 小笠原諸島のみ |
| ゴイシツバメシジミ | シジミチョウ科 | 1975/2/13 | 熊本県、宮崎県の一部(種指定) |
| カラフトルリシジミ | シジミチョウ科 | 1967/5/2 | 北海道大雪山系、知床半島など |
| ルーミスシジミ | シジミチョウ科 | 1932/3/25 | 奈良市春日野町 |
| キマダラルリツバメ | シジミチョウ科 | 1934/5/1 | 鳥取市東町、栗谷町、上町 |
| アサヒヒョウモン | タテハチョウ亜科 | 1965/5/12 | 北海道大雪山系 |
| ダイセツタカネヒカゲ | ジャノメチョウ亜科 | 1965/5/12 | 北海道大雪山系 |
| カテゴリー | 科名 | 和名 | 備考 |
| 絶滅危惧IA類（CR） ごく近い将来にお ける野生での絶滅 の危険性が極めて 高いもの | セセリチョウ科 | タカネキマダラセセリ | 赤石山脈亜種 |
| セセリチョウ科 | ヒメチャマダラセセリ | ||
| シロチョウ科 | タイワンモンシロチョウ | 対馬・朝鮮半島亜種 | |
| シジミチョウ科 | ウスイロオナガシジミ | 鹿児島県栗野岳亜種 | |
| シジミチョウ科 | オガサワラシジミ | ||
| シジミチョウ科 | タイワンツバメシジミ | 名義タイプ亜種, 琉球亜種 | |
| シジミチョウ科 | カシワアカシジミ（キタアカシジミ） | 冠高原亜種 | |
| シジミチョウ科 | ゴマシジミ | 関東・中部亜種 | |
| シジミチョウ科 | ツシマウラボシシジミ | ||
| シジミチョウ科 | アサマシジミ | 北海道亜種 | |
| シジミチョウ科 | ゴイシツバメシジミ | ||
| シジミチョウ科 | オオルリシジミ | 本州亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | ヒメヒカゲ | 長野県・群馬県亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | オオウラギンヒョウモン | ||
| タテハチョウ亜科 | ウスイロヒョウモンモドキ | ||
| タテハチョウ亜科 | ヒョウモンモドキ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | タカネヒカゲ | 八ヶ岳亜種 | |
| 絶滅危惧IB類（EN） ＩA類ほどではな いが、近い将来に おける野生での絶 滅の危険性が高 いもの> |
セセリチョウ科 | ホシチャバネセセリ | |
| セセリチョウ科 | アカセセリ | ||
| セセリチョウ科 | オガサワラセセリ | ||
| セセリチョウ科 | チャマダラセセリ | ||
| シロチョウ科 | ミヤマシロチョウ | ||
| シロチョウ科 | ツマグロキチョウ | ||
| シロチョウ科 | ヤマキチョウ | ||
| シロチョウ科 | ヒメシロチョウ | ||
| シジミチョウ科 | タイワンツバメシジミ | 日本本土亜種 | |
| シジミチョウ科 | クロシジミ | ||
| シジミチョウ科 | ゴマシジミ | 中国地方・九州亜種 | |
| シジミチョウ科 | ミヤマシジミ | ||
| シジミチョウ科 | アサマシジミ | 本州亜種 | |
| シジミチョウ科 | オオルリシジミ | 九州亜種 | |
| シジミチョウ科 | シルビアシジミ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | ヒメヒカゲ | 本州中部・近畿・中国地方亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | クロヒカゲモドキ | ||
| タテハチョウ亜科 | コヒョウモンモドキ | ||
| 絶滅危惧II類（VU） 絶滅の危険が増大 している種 | セセリチョウ科 | アサヒナキマダラセセリ | |
| セセリチョウ科 | ヒメイチモンジセセリ | ||
| アゲハチョウ科 | ギフチョウ | ||
| シロチョウ科 | クモマツマキチョウ | 八ヶ岳・南アルプス亜種 | |
| シジミチョウ科 | チョウセンアカシジミ | ||
| シジミチョウ科 | カシワアカシジミ（キタアカシジミ） | 名義タイプ亜種, 北海道・東北地方亜種 | |
| シジミチョウ科 | ルーミスシジミ | ||
| シジミチョウ科 | ゴマシジミ | 中部高地帯亜種 | |
| シジミチョウ科 | アサマシジミ | 本州高地亜種 | |
| シジミチョウ科 | ハマヤマトシジミ | ||
| タテハチョウ亜科 | ウラギンスジヒョウモン | ||
| タテハチョウ亜科 | ヒョウモンチョウ | 本州中部亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | ツマジロウラジャノメ | 四国亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | オオイチモンジ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | ウラナミジャノメ | 日本本土亜種 | |
| 準絶滅危惧（NT） 生息条件の変化に よっては「絶滅危 惧」に移行する可 能性のある種 |
セセリチョウ科 | タカネキマダラセセリ | 飛騨山脈亜種 |
| セセリチョウ科 | ギンイチモンジセセリ | ||
| セセリチョウ科 | スジグロチャバネセセリ | 愛媛亜種 | |
| セセリチョウ科 | スジグロチャバネセセリ | 名義タイプ亜種 | |
| アゲハチョウ科 | ヒメギフチョウ | 本州亜種 | |
| アゲハチョウ科 | ヒメギフチョウ | 北海道亜種 | |
| アゲハチョウ科 | ウスバキチョウ | ||
| シロチョウ科 | クモマツマキチョウ | 北アルプス・戸隠亜種 | |
| シロチョウ科 | ミヤマモンキチョウ | 浅間連山亜種 | |
| シロチョウ科 | ミヤマモンキチョウ | 北アルプス亜種 | |
| シジミチョウ科 | イワカワシジミ | ||
| シジミチョウ科 | ベニモンカラスシジミ | 名義タイプ亜種, 四国亜種 | |
| シジミチョウ科 | ベニモンカラスシジミ | 中国地方亜種 | |
| シジミチョウ科 | ベニモンカラスシジミ | 中部地方亜種 | |
| シジミチョウ科 | カバイロシジミ | ||
| シジミチョウ科 | オオゴマシジミ | ||
| シジミチョウ科 | ゴマシジミ | 北海道・東北亜種 | |
| シジミチョウ科 | リュウキュウウラボシシジミ | ||
| シジミチョウ科 | ヒメシジミ | 本州・九州亜種 | |
| シジミチョウ科 | キマダラルリツバメ | ||
| シジミチョウ科 | クロツバメシジミ | 九州沿岸・朝鮮半島亜種 | |
| シジミチョウ科 | クロツバメシジミ | 東日本亜種 | |
| シジミチョウ科 | クロツバメシジミ | 中国地方・四国・九州内陸亜種 | |
| シジミチョウ科 | カラフトルリシジミ | ||
| タテハチョウ亜科 | ヒョウモンチョウ | 北海道・本州北部亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | アサヒヒョウモン | ||
| タテハチョウ亜科 | カラフトヒョウモン | ||
| ジャノメチョウ亜科 | シロオビヒメヒカゲ | 北海道西部亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | クモマベニヒカゲ | 北海道亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | クモマベニヒカゲ | 本州亜種 | |
| ジャノメチョウ亜科 | ベニヒカゲ | 本州亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | アカボシゴマダラ | 奄美亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | コノハチョウ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | キマダラモドキ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | シロオビヒカゲ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | ダイセツタカネヒカゲ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | タカネヒカゲ | 飛騨山脈亜種 | |
| タテハチョウ亜科 | フタオチョウ | ||
| タテハチョウ亜科 | オオムラサキ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | マサキウラナミジャノメ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | リュウキュウウラナミジャノメ | ||
| ジャノメチョウ亜科 | ヤエヤマウラナミジャノメ |